有机水溶肥是指含有有机质的水溶肥，它的主要原料有机物料、功能型微生物菌剂、无机营养肥料。有机水溶肥的有机物料一般选用有机质含量为20%-45%的产品，含纤维素、氨基酸、腐植酸、胶体物质以及焦糖等各种有机物的为佳，同时还含有植物生长所必需的大量元素氮、磷、钾等营养，这样才有很好的肥效。

　　其实有时候有机水溶肥里面的大分子有机物不能被植物吸收利用， 直接施用会给环境带来一定的负担，因此需进行适当的处理再施用，例如枯草芽泡杆菌、地衣芽抱杆菌和酵母菌，都能在有机质中快速繁殖，且可对其中的大分子物质进行分解。

　　有机水溶肥里的有机物料主要来源于食品发酵副产物，如味精厂废液、药厂(氨基酸发酵)废液、糖厂废液、酒精厂废液、酵母发酵液、沼液、木醋液以及植物提取液等。一般氨基酸废液中，由于氨基酸发酵工艺(调节PH)的需要，会带入大量的酸根和铵根，这种情况下一般利用悬浮工艺制成悬浮肥。

　　功能微生物菌剂是建立在有机水溶肥上的，主要以细菌中的芽泡杆菌属为主，有机水溶肥为生长环境，芽砲杆菌主要包括枯草芽泡杆菌、地衣芽泡杆菌、胶冻样芽泡杆菌、侧泡短芽泡杆菌;也有的用真菌，以酵母菌为主，包括酿酒酵母、毕赤酵母。